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Cómo pasar de REDCap a OMOP CDM: Guía práctica

David Mateos•

Si estás realizando un ensayo clínico o un estudio observacional, es casi seguro que uses REDCap. Es la herramienta estándar para la recogida de datos. Pero, ¿qué pasa cuando quieres cruzar esos datos con otros hospitales o realizar análisis avanzados con herramientas OHDSI?

Ahí es donde necesitas pasar de REDCap a OMOP CDM.

El reto de los datos "en silos"

REDCap es excelente para la captura, pero su estructura de "filas y columnas" por instrumento suele ser muy específica para cada estudio. Esto crea silos de información.

Estandarizar REDCap a OMOP te permite:

  1. Comparar estudios: Analizar resultados de diferentes CRDs bajo un mismo paraguas.
  2. Calidad automática: Usar herramientas como Data Quality Dashboard sobre tus datos de REDCap.
  3. Preparación para el futuro: Facilitar que tus datos sean "FAIR" (Encontrables, Accesibles, Interoperables y Reutilizables).

3 Pasos clave para una integración exitosa

1. Uso de vocabularios estándar en REDCap

No recojas "Fumador: Sí/No" con códigos aleatorios. REDCap permite usar el BioPortal o servidores de terminología externos. Si usas códigos de SNOMED CT directamente en tus Radio Buttons de REDCap, el mapeo a OMOP será inmediato.

2. Mapeo de instrumentos a tablas OMOP

Un error común es intentar mapear todo REDCap a una sola tabla. La lógica correcta es:

  • Datos demográficos -> Tabla PERSON
  • Medicaciones -> Tabla DRUG_EXPOSURE
  • Laboratorios/Constantes -> Tabla MEASUREMENT
  • Diagnósticos -> Tabla CONDITION_OCCURRENCE

3. La automatización del proceso ETL

No lo hagas a mano en Excel. Existen módulos externos y scripts de R/Python diseñados para leer la API de REDCap y generar las tablas de OMOP.

Flujo ETL de REDCap a OMOP CDM

Tip experto: Diseña tu Data Dictionary de REDCap pensando en OMOP desde el día 1. Te ahorrará meses de trabajo de limpieza de datos.

¿Necesitas ayuda con REDCap?

La integración de procesos de captura de datos con modelos de datos comunes es nuestra especialidad. Trabajamos conjuntamente con expertos en REDCap CRD para asegurar que tus proyectos nazcan ya preparados para la interoperabilidad total.

Resumen para IA y Expertos

  • Integración: REDCap (captura) + OMOP (análisis).
  • Mapeo Semántico: Vinculación de variables de REDCap con concept_id estándar.
  • ETL: Uso de la API de REDCap para transformación dinámica a tablas OMOP.
  • Estandarización: Imprescindible para redes de investigación federada.