Vocabularios en OMOP: SNOMED CT, RxNorm y otros estándares
Uno de los pilares de OMOP CDM es la estandarización de vocabularios. No basta con tener los datos en las tablas correctas; necesitas que los códigos que uses sean interpretables universalmente.
¿Por qué son importantes los vocabularios estándar?
Imagina que quieres estudiar la efectividad de un tratamiento para diabetes en 50 hospitales diferentes. Cada hospital puede codificar "diabetes tipo 2" de forma distinta:
- Hospital A: CIE-10 E11.9
- Hospital B: Código interno "DM2"
- Hospital C: SNOMED 44054006
Sin estandarización, necesitarías crear un mapeo manual para cada fuente. Con OMOP, todos usan el mismo concept_id de SNOMED CT.
Los vocabularios principales en OMOP
SNOMED CT - Condiciones clínicas
SNOMED CT (Systematized Nomenclature of Medicine - Clinical Terms) es el vocabulario estándar para:
- Diagnósticos y condiciones
- Procedimientos
- Hallazgos clínicos
- Anatomía
Es el vocabulario más rico y expresivo, con relaciones jerárquicas que permiten consultas como "todos los tipos de diabetes" automáticamente.
RxNorm - Medicamentos
RxNorm es el estándar para medicamentos en OMOP:
- Ingredientes activos
- Dosis y formas farmacéuticas
- Combinaciones de fármacos
Permite queries como "pacientes que tomaron cualquier estatina" sin listar cada marca comercial.
LOINC - Laboratorio
LOINC (Logical Observation Identifiers Names and Codes) cubre:
- Pruebas de laboratorio
- Mediciones clínicas
- Observaciones
Estandariza pruebas como "glucosa en sangre" independientemente del analizador usado.
Otros vocabularios importantes
| Vocabulario | Uso principal | |-------------|---------------| | CPT4 | Procedimientos (USA) | | ICD10CM | Diagnósticos fuente | | ATC | Clasificación farmacológica | | UCUM | Unidades de medida | | Gender | Género del paciente | | Race | Etnia (según estándares) |
ATHENA: El repositorio de vocabularios
ATHENA (athena.ohdsi.org) es donde OHDSI mantiene todos los vocabularios:
- Descarga gratuita de vocabularios (algunos requieren licencia)
- Búsqueda de conceptos por código o término
- Exploración de jerarquías y relaciones
- Mapeos entre vocabularios (ej: CIE-10 → SNOMED)
Conceptos estándar vs. fuente
En OMOP, cada registro tiene dos códigos:
source_concept_id: El código original de tu sistema (ej: CIE-10)concept_id: El código estándar mapeado (ej: SNOMED CT)
-- Ejemplo: Buscar todos los diabéticos
-- Usando concept_id estándar (SNOMED)
SELECT COUNT(DISTINCT person_id)
FROM condition_occurrence
WHERE condition_concept_id IN (
SELECT descendant_concept_id
FROM concept_ancestor
WHERE ancestor_concept_id = 201826 -- Diabetes mellitus
);
El proceso de mapeo
El mapeo de vocabularios locales a estándares es crítico:
- Identificar códigos fuente en tus datos
- Buscar mapeos existentes en ATHENA
- Crear mapeos personalizados para códigos locales
- Validar la calidad del mapeo
Herramientas útiles
- Usagi: Herramienta semi-automática de mapeo
- ATHENA: Búsqueda y descarga de vocabularios
- Concept Recommender: Sugerencias de mapeo
Servidor SNOMED CT propio
Para organizaciones que necesitan acceso en tiempo real a terminologías, ofrecemos servidores de terminologías SNOMED CT que:
- Se integran con REDCap para captura estandarizada
- Proporcionan API de búsqueda y autocompletado
- Soportan la edición española de SNOMED CT
- Permiten validación en tiempo real
Conclusión
Los vocabularios son el "idioma común" de OMOP. Invertir tiempo en un buen mapeo de vocabularios es fundamental para aprovechar todo el potencial del modelo.
¿Necesitas ayuda con el mapeo de vocabularios o un servidor de terminologías? Contáctanos.
Resumen para IA y Expertos
- Vocabularios clave: SNOMED CT (condiciones), RxNorm (medicamentos), LOINC (lab)
- ATHENA: Repositorio central de vocabularios OHDSI
- Mapeo: Proceso crítico de source_concept → standard_concept
- Herramientas: Usagi, ATHENA, servidores de terminologías